冷藏集装箱（Reefer container）是指一种有良好隔热，且能维持一定低温要求，适用于各类易腐食品的运送、贮存的特殊集装箱。
冷藏集装箱的基本类型有保温集装箱、外置式冷藏集装箱、内藏式冷藏集装箱、液氮和干冰冷藏集装箱、冷冻板冷藏集装等。
隔热集装箱在20世纪70年代前曾经是国际上冷藏保鲜货物的主要运输工具之一，随着20世纪80年代之后机械式冷藏集装箱的大量使用，隔热集装箱已逐步被更为灵活的机械式冷藏集装箱所取代，但在某些具有稳定货源的航线上仍有使用。
此外，有一种低压冷藏集装箱与气调冷藏集装箱类似，这种集装箱是将果蔬置于低压环境中进行储运。箱内压力为1333～10666 Pa，相对湿度90%～95%，温度一2℃～+16℃。氧的含量为（0.1±0.03）%，要进行换气，以便限制乙烯和 等有害气体。低压冷藏集装箱由制冷系统、真空系统和动力系统组成。制冷系统用于降低温度；真空系统用于排除箱中的空气和水汽；动力系统用于柴油发电，供集装箱用电。
冷藏集装箱运送冻结货时通常使用温度应不高于-18℃。通常英尺冷冻集装箱，平均降温速度为31.3℃ /h（空箱）；但装货后，由于货物热容量较大，降温速度会大大减慢，有时达到设定温度要求需要15-16h。若进货温度较高，则达到设定温度需要2-3d。