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中国人民解放军总医院前身是中国协和医学院第二临床学院，1953年10月，总后方勤务部卫生部决定将“中国协和医学院第二临床学院”改为“军委直属机关医院”。
1954年7月，总后方勤务部卫生部将“军委直属机关医院”改为“中国人民解放军第三〇一医院”。
1957年6月，国防部批示“中国人民解放军第三〇一医院”番号撤销，改称为“中国人民解放军总医院”。
军医进修学院是以解放军总医院为依托建设和发展起来的，始建于1958年11月，1962年停办。
1979年6月，经中央军委批准恢复军医进修学院。
1986年9月批准正式列入全军院校编制序号。
2004年全军整编将三〇四医院更名为三〇四临床部，对外称解放军总医院附属医院，列入解放军总医院编制序列。
2009年2月，解放军总医院与海南省正式签订共同建设海南分院战略合作协议，拉开了总医院历史上跨地域、整建制异地办院的序幕；
2009年8月，海南分院在三亚海棠湾破土动工；
2009年8月，解放军总医院第二附属医院（原309医院）完成转隶移交，隶属总参谋部领导，更称呼为解放军总参谋部总医院。
2011年12月，38.3万平方米的现代医疗城竣工并投入试运行；
2012年6月9日，解放军总医院海南分院正式开诊运行。
先后牵头并主持承担了国家重大课题330多项。获国家发明专利50余项。获得新药证书7项、诊断试剂生产批件13项、军队制剂批件43项。发表病毒性肝炎相关SCI论文800篇（IF≥10论文24篇）。依靠协同创新网络推广普及病毒性肝炎相关知识。一方面紧密瞄准解决临床问题“接地气”的宏伟目标，组织开展国际化、高质量的多中心临床研究，取得具有重大临床指导意义的创新性成果，另一方面创新国际交流与合作模式，与世界大学、研究院所、医疗机构和跨国企业等建立战略合作伙伴关系，获得具有“高大上”特性的科研成果，提高学术水平和地位。
国家骨科与运动康复临床医学研究中心由国家科技部、卫健委、军委后勤保障部和国家药监局于2019年5月正式批复成立，是目前国内骨科与运动康复领域的临床医学研究中心。中心依托单位为中国人民解放军总医院，承载着强化医学科技创新体系建设、打造国家临床医学和转化研究“新高地”的重要使命与任务，始终坚持以临床需求为牵引、以转化应用为导向、以创新网络为支撑的工作思路，着力构建全生命周期的创新生态平台，开展临床研究、协同创新、成果转化、推广应用、学术交流、人才培养等工作。中心目前已开展临床研究39项，发表论文600余篇，授权国际专利13项、国家专利120余项。牵头/参与国内指南、共识40余项，开展线上/线下教育，培训人员340余万人次。开展千余次远程会诊、扶贫帮带，赋能地方医疗机构骨科诊疗能力。